當前非常有必要科學認識農村環境保護新形勢，特別是要分析好農村環境保護面臨的新挑戰，積極引導農村環境保護的健康發展。
一是問題挑戰。比如，有色金屬產業地區的重金屬排放超出土壤承載力，化學農業的氮、磷超出地表水體承載力，部分地區牲畜的飼養量超出草原生態承載力等問題大量存在，農村環境保護壓力較大。同時，農民環境意識逐步增強，對于環境問題的關注以及環境訴求會明顯提高。
二是形勢挑戰。我國正在完善農村土地經營權流轉，農村環保工作將面臨農業生產方式規?；?、農村農民組織化等新的形勢挑戰。隨著新型城鎮化戰略的推進，農村地區的投資增大，基礎設施建設將造成巨大生態壓力。同時，隨著農村環境整治工作的推進，農村生態與環境修復工程和鎮村污染治理設施快速發展，給農村環境保護工作帶來了新的監管挑戰。此外，在生態文明環境績效考核的壓力下，縣鄉級人民政府也將面對農村環境保護工作高要求的壓力。
三是資金挑戰。未來一段時期農村環境保護工作將迎來基礎設施建設的高峰，帶來巨大的建設資金籌措壓力。同時伴隨著大批環境污染治理設施的建成，其運營管理將產生大筆費用，農民及農業生產自身經濟能力較弱，無力承擔這項支出，可能嚴重依賴縣鄉級財政，更加劇了縣鄉級政府的資金挑戰。
四是制度挑戰?！董h境保護法》加強了農村環境保護的規定，明確農業部門在秸稈、畜禽糞便處置等方面的指導職責，明確了住建部門在農村污水和生活垃圾治理等方面的職責。此前，很多時候是由環保部門直接面對農民開展工作，直接參與甚至主導農村污水和生活垃圾基礎設施建設。而當下，如何有效開展農村環境綜合治理便成為環保行政主管部門面臨的制度性挑戰。